进攻金门的任务由我28军82师全部、84师251团、29军85师253团及87师259团共6个团的兵力担任。
28军是1947年4月由原八路军山东渤海军区的地方武装升级组建的华东野战军第10纵队发展起来的。
29军原是1945年11月由原新四军苏中地方武装建立起来的第7纵队，1947年初升为华东野战军第11纵队，主力北撤山东后留在苏中敌后进行游击战争。
在解放战争中，28军脱颖而出，以善守称著；29军以前缺乏打大仗的锻炼，在进攻上海时，三野的首长有意将其布列于主攻方向，使其积累一些经验。总的说来，这两个军的官兵已具备了攻坚作战的能力，但这两个军和全军其他部队一样，没有两栖作战的训练，而且，被胜利激励着的部队也没有对两栖作战的困难进行充分的论证，更为严重的是，指战员们根本不了解潮汐、船舶等因素在两栖作战中的影响力。
国民党驻守金门岛的是第22兵团第5军和第25军以及刚从台湾调来的第201师，拥有8个团2万人。其中，第5军原是国民党的“五大主力”之一，不过，第5军的老部队已在淮海战役中全军覆没，现在的第5军是其残余及征招新兵而重新组建的，且在厦门战役中，其166师已基本被歼，剩下的第5军军部和第200师约3
余人据守在小金门。第25军是一个屡战屡败的部队，早在淮海战役第一阶段，该军即被歼于碾庄，后在福建重新建军，又在我进攻福州的战斗中基本被重歼，残部逃到金门时仅缩编成一个团，之后，国民党空军又将机场警卫部队偏成40、45两个师，与原25军残部一起重新成立了25军。
刚刚从台湾调至金门的第201师是原青年军部队，是抗日战争末期蒋介石以“十万青年十万军”为口号组织起来的，其待遇、装备均较其他部队优越，被蒋介石视为心腹嫡系。
此外，金门岛还有一支装甲部队，即国民党战车第3团第1营，该营于1949年初组建，其主要成员均是从双堆集包围圈和华北战场上逃回的装甲兵人员，该营拥有重15吨，配置一门37毫米炮的美制51坦克21辆，是反登陆作战强有力的力量。
战前分析，国民党在大金门岛和小金门岛各驻军17000和3000人，其中，新兵又占多数，只有201师和战车营是较有战斗力的部队。当时，金门岛上虽然抢修了一些防御工事，但这些工事防御能力并不强大，多是成一线配置的野战土木工事。
28军前指受命攻金后开始了渡海作战准备工作。然而，由于国民党从大陆沿海撤退时，对渔民的船只大肆破坏和掠夺，所剩渔船寥寥无几。这使我军准备渡海作战船只发生困难。直到10月24日才搜集到集中一次可肮渡3个团约8000人的船只，这离10月18日下达的进攻金门作战的部署命令的总攻时间——10月20日已推迟了4天。
10月18日下达了作站部署命令，其时，兵团包括叶飞司令员在内的不少领导到达厦门才4天时间，命令要求：以我28军82师全部、84师251团、29军85师253团及87师259团共6个团的兵力分两个梯队进攻，以迅雷不及掩耳的动作直插小金门。这一命令所要求准备的船只实际上直到真正发起总攻时也未完成。
由于无法筹措到一次性渡运6个团部队的船只，第28军前指作出了如下一个过于理想化的预想：第1梯队登陆3个团，纵使有部分损失，船只返回时第2梯队、第3梯队还可以再航渡3个团，这样总共可有6个团大约1