，要实现这一登陆作战的设想，最大的困难来自两个方面：一是缺乏渡海船只，二是海空军掩护问题还有待解决。
解决渡海船只问题，在建国初期的条件下是一大难题。要运送50万部队渡海，连同装备、粮弹、饮水、燃料、马匹、车辆等，所需船只甚多。
根据金门作战的经验，第二梯队不能依赖第一梯队的船只返航接运，而必须自备船只。因此，中央军委估计需筹集几十万吨位的船只。台湾海陕海宽浪大，渔民的小帆船难以航渡，需用轮船或较大的机帆船。近代中国海运一直不发达，沿海地区机器动力的船只很少，国民党军从大陆撤退时又将大多数轮船带走或加以破坏，所以要靠从沿海现有的船只中筹集几十万吨位的机动船是办不到的。
解决海空掩护问题，也是保证渡海攻台成功所必不可少的前提，而人民解放军当时确实不具备这种条件。台湾距大陆最近距离也在8海里以上，平均距离则有100多海里，解放军对金门、海南岛发起进攻时，航渡距离只有5－15海里，以帆船航行几小时即可到达，完全可以在一夜间起航并完成登陆，从而能大大减少国民党空军的攻击和海军拦截的威胁，向台湾航渡则完全不具备这种夜航登陆的条件。解放军当时拥有的舰船时速大多只有七、八海里，向台湾航渡需要一天一夜时间，庞大的船队一旦没有夜幕遮蔽，在完全暴露的海面上必然会遭到国民党海空军的全力拦截攻击，没有海空军掩护的船队将会遭到极惨重的损失，根本不可能达成登陆成功的目的。因此有了渡海的船只后，还必须建成一支能够较敌方具有优势的海空军，才能保证台湾战役这种规模的渡海作战的胜利。
中央军委在筹划台湾战役时，鉴于上述的这两个主要困难，决定在不影响恢复国民经济的前提下，筹集财力物力修造船只，并尽快建设海空军。但是在当时中国工业基础极为薄弱、技术设备极其落后的条件下，筹集修造大量船只和建设海空军都非短期所能完成。
沿海地区解放后，人民海军征集到可用的商船、渔船仅有169艘，
中央在加强对港口上空防护的同时，要求沿海地区各造船厂抓紧修复被破坏的轮船，并大量赶造投资少、工期短并有一定抗风浪能力的机帆船。此外，中央利用英国已承认新中国，想建立关系的有利条件，在香港购买到旧船48艘，
1950年6月6日至9日，中央在北京召开了七届三中全会。会上，华东军区副司令员粟裕汇报了解放台湾的各项准备工作。栗裕请求由中央军委直接组织指挥台湾战役，则决定这一战役仍由栗裕指挥。中央军委、作出这一决定，是由于粟裕在解放战争的多数时间里实际担负了华东战场的主要指挥责任，1948年陈毅调任中原军区第一副司令员后粟裕还担任了华东野战军代司令员，在华东解放战争中显示出高超的指挥才能。台湾战役由粟裕担任指挥员，在当时是最合适的人选。